Durante el período clásico mesoamericano, Cholula fue el principal aliado de Teotihuacan en el valle de Puebla-Tlaxcala. Proveía a la metrópoli del altiplano central de artículos muy apreciados en la red comercial mesoamericana, como la cerámica Anaranjado Delgado, que, como su nombre lo indica, se trata de productos de alfarería distinguidos por la fineza de sus acabados y el color naranja característico. La cerámica Anaranjado Delgado era un bien de consumo suntuario en Mesoamérica, destinado sólo para las élites gobernantes.
Según algunas hipótesis, Cholula habría decaído más o menos al mismo tiempo del declive teotihuacano --ocurrida alrededor del siglo VII de nuestra era--. En otras propuestas, la ciudad habría cobrado fuerza regional en el contexto del vacío de poder surgido por el ocaso de la metrópoli teotihuacana. Como quiera que haya sido, el gran templo de Quetzalcóatl fue abandonado alrededor del siglo XI de nuestra era, época en que su población comenzó a reducirse y la ciudad perdía importancia económica y comercial.
Las más recientes investigaciones han encontrado que la zona dominada por Cholula en el período clásico de Mesoamérica estuvo bajo la influencia de pueblos portadores de la cultura Ñuiñe, cuyos centros principales se localizan en el suroeste el actual estado de Puebla y el noroeste de Oaxaca, en la llamada Región Mixteca.
Luego de su declive en el período clásico, Cholula resurgiría en el posclásico temprano como uno de los principales nodos comerciales y religiosos de Mesoamérica. La Historia Tolteca-Chichimeca (de Fernando de Alva Ixtlilxóchitl) señalaba que a la llegada de las primeras migraciones trochichimecas al altiplano, la ciudad de Cholula se encontraba poblada por un grupo al que se conoce como olmeca-xicalanca u olmecas históricos --con el propósito de diferenciarlos de los olmecas arqueológicos--. Los olmeca-xicalancas también eran un grupo étnico con importante presencia en otras zonas del centro de México, como Cacaxtla, Cantona, Xochitécatl y probablemente Xochicalco y Chalcatzingo, en el actual estado de Morelos. Se ha planteado que los olmeca-xicalancas habrían sido originarios de la costa oriental del golfo de México, y que eran portadores de una cultura relacionada con la maya, que se refleja en su estilo artístico.
Luego de una lucha contra los pobladores originarios, los toltecas pudieron imponer su hegemonía, incluyendo a Cholula en su área de influencia. A partir de entonces, la ciudad adquierió el nombre completo de Tollan-Chollollan-Tlachihualtépetl, que significa Gran ciudad donde cae el agua en el lugar de huida del cerro hecho de tierra.[1] En el posclásico temprano, es probable que Cholula mantuviera relaciones con otras áreas de Mesoamérica, en especial con el reino mixteco del señor Ocho Venado, como sugieren algunas interpretaciones de documentos como el Códice Tonindeye.
La ciudad estaba regida por dos jefes, que también fungían como una especie de sacerdotes de las dos deidades principales de los olmeca-xicalanca: la Serpiente Emplumada y el Dios de la Lluvia (Tláloc), hecho que revela la vocación agrícola de los cholultecas. Más tarde, con a expansión mexica, Cholula quedó como uno de los principales aliados de Tenochtitlan.
Zona arqueológica
La construcción más importante de la zona arqueológica es el Templo de Tláloc —venerado localmente por su nombre calendárico: 9 Lluvia o Chiconquiáhuitl[2] —, basamento piramidal construido en distintas fases, dedicado a esa divinidad prehispánica y cuyo culto fue uno de los más importantes en toda el área mesoamericana. Es una de las pirámides más voluminosas del mundo, y durante mucho tiempo permaneció en el olvido, creyéndose que era una montaña, sobre la cual fue construido un templo católico en la época colonial. Este templo fue abandonado 100 años después de la caída de Teotihuacán, en tiempo de la hegemonía tolteca en Mesoamérica (Posclásico Temprano, 900-1200 d. C.). El tolteca fue el grupo dominante de gran parte de Mesoamérica, área por la cual se distribuían rasgos característicos de esa cultura.
Para el 1300 d. C., Cholula fue abandonada por los toltecas y a la llegada de los españoles, en el año 1519, los cholultecas erán tributarios privilegiados de Tenochtitlan, y enemigos de los tlaxcaltecas. A la llegada de los españoles el Templo de Quetzalcóatl, se ubicaba al lado poniente de la Gran Pirámide, el cual fue destruido y con sus piedras se edificaron los principales monumentos coloniales. Cholula posee además notables ejemplos de pintura mural, como el llamado Mural de los Bebedores.